Ołtarze pod koniec XIX wieku zostały pomalowane na brązowo, teraz po konserwacji odzyskały swój pierwotny XVIII wieczny kredowy kolor, co zupełnie zmieniło wygląd świątyni . - Usunęliśmy wtórne nawarstwienia farb malarskich. Całość pociągnięto jakby z jednej beczki a nie zainteresowano się strukturą drewna zniszczoną przez drewnojady, teraz odsłoniliśmy warstwę pierwotną - mówi kierujący pracami Krystyn Kozieł. Prace rozpoczęto w roku 2017 przy całym sklepieniu w prezbiterium. Przebadano je i odsłonięto średniowieczne zaprawy i lilijkowe polichromie z XIV wieku, które są teraz wyeksponowane. Następnie konserwatorzy zajęli się ołtarzem św. Marii Magdaleny znajdującym się obok ołtarza głównego oraz tronem prepozyta (między stallami a ołtarzem głównym). Dalej - konserwację przeszła belka tęczowa ze sceną Ukrzyżowania oraz cztery ołtarze stojące przy tzw. ścianie tęczowej, czyli tej na granicy nawy głównej i prezbiterium kościoła. Są to ołtarze: Chrystusa Ukrzyżowanego, Chrystusa Zbawiciela, Matki Boskiej Łaskawej i św. Józefa. - Efekt jest można nawet powiedzieć powalający na kolana, nie tylko do modlitwy ale także z zachwytu artystycznego. Powalać też może na kolana to, że ołtarze wróciły do pierwotnego koloru, złoto wręcz bije po oczach a biel jest jasna i rozświetla całą Bazylikę- zachwyca się proboszcz parafii ks. Przemysław Soboń. Ostatni trzyletni etap prac pochłonął ponad 4,5 mln zł z czego blisko 4 mln to dofinansowanie z Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa. Przed nami kolejny etap obejmujący konserwację dwóch ołtarzy nawy głównej: św. Michała Archanioła i Bożego Miłosierdzia.
