Na początku Mszy św. żałobnej odczytano telegram kondolencyjny ze Stolicy Apostolskiej, w którym poinformowano, że Leon XIV łączy się duchowo z uczestnikami liturgii pogrzebowej „dziękując Bogu za gorliwą pasterską służbę śp. bp Jana, którą podejmował dla dobra Kościoła, szczególnie w Archidiecezji Krakowskiej”. Odczytano także słowo abp Tadeusza Wojdy, przewodniczącego Episkopatu.
Abp Marek Jędraszewski przedstawił życiorys zmarłego, w tym ważne daty i wydarzenia z jego życia. 14 maja 1988 r. Jan Paweł II mianował ks. Jana Szkodonia biskupem pomocniczym Archidiecezji Krakowskiej ze stolicą tytularną Turrisblanda. Święcenia biskupie przyjął w katedrze na Wawelu 4 czerwca 1988 r. Konsekratorami byli kard. Franciszek Macharski, abp Jerzy Ablewicz i bp Stanisław Nowak. Jako swoje zawołanie bp Jan Szkodoń przyjął słowa „Dominus ipse faciet” – „Pan, On sam będzie działał”.
W Archidiecezji Krakowskiej pełnił urząd wikariusza generalnego, był także członkiem Rady Duszpasterskiej i Kolegium Konsultorów. W Krakowskiej Kapitule Katedralnej pełnił również funkcję dziekana. W Episkopacie był członkiem Komisji Charytatywnej, Komisji ds. Duszpasterstwa Rodzin, Komisji ds. Misji, Komisji ds. KUL-u, Komisji Duchowieństwa i Rady Rodziny.
10 marca 2022 r. papież Franciszek przyjął jego rezygnację z urzędu biskupa pomocniczego Archidiecezji Krakowskiej w związku z osiągnięciem wieku emerytalnego. Ostatnie lata jego życia były naznaczone cierpieniem. Zmarł 28 sierpnia w Krakowie.
– Dzisiaj pragniemy dobremu Bogu dziękować za jego życie i za wszelkie dobro, jakie stało się udziałem Kościoła, zwłaszcza Kościoła krakowskiego, dzięki jego kapłańskiej i biskupiej posłudze. Równocześnie pokornie prosimy najlepszego Ojca, aby zechciał mu okazać wielkie swoje miłosierdzie – mówił abp Marek Jędraszewski.
Okolicznościowe kazanie wygłosił dziekan Krakowskiej Kapituły Katedralnej ks. Jacek Urban. W jego trakcie odczytał fragmenty testamentu śp. bp Jana Szkodonia, napisanego po przyjęciu sakry biskupiej 37 lat temu. „Ogarniam wdzięczną modlitwą całe moje życie. Dziękuję Bogu za wierzących i pobożnych rodziców, którzy wprowadzili mnie w życie wiary. Dziękuję za rodzeństwo, za rodzinę, przyjaciół i dobrodziejów, za kapłanów, których spotkałem na drodze mego życia, za nauczycieli i wychowawców. Tak wiele dobrego doznałem od ludzi. W szczególny sposób pragnę wielbić Boga za dar powołania do kapłaństwa. (…) Ogarniam myślą i sercem 18 lat mojego kapłaństwa, pracę w Makowie Podhalańskim i w Krakowie Borku-Fałęckim, studia na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, pracę w Synodzie Krakowskim, a szczególnie prawie 10 lat pracy w seminarium jako ojca duchownego, a także wykładowcy w Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie. Mam tyle powodów, aby trwać w dziękczynnym »Te Deum«, ale jednocześnie uświadamiam sobie, że mogłem o wiele lepiej służyć Bogu i ludziom. Proszę o wybaczenie ludzi, których czymkolwiek zasmuciłem. Niech Bóg miłosierny naprawi to, co zepsułem. A jeśli by ktoś czuł się winnym wobec mnie, chcę wyznać, że do nikogo nie czuję żalu”.
– Pracowity, pobożny, gotowy do każdej posługi, niewymawiający się zmęczeniem, bardzo kapłański, wchodzący w dialog z każdym napotkanym człowiekiem – mówił o zmarłym ks. Jacek Urban. – Biskup Jan był adresatem Bożego Słowa i stał się Jego zwiastunem. Dbał o przygotowanie gleby na Słowo, aby stało się Ciałem i zamieszkało między nami. Głosił Słowo, łamał chleb, służył – podkreślił ks. Urban. Homilię zakończył słowami hymnu Roku Świętego, które odniósł do zmarłego: „Podnieś oczy. Ruszaj z wiatrem w przyszłość. Patrz na Syna, co się stał człowiekiem. Niech Cię przyjmie Matka, której już w młodości życie swe ofiarowałeś”.
W modlitwie żałobnej na Wawelu uczestniczyli biskupi i kapłani. Wśród nich byli także kard. Stanisław Dziwisz i kard. Kazimierz Nycz.
Źródło: Biuro Prasowe Archidiecezji Krakowskiej
