Na linii do Skierniewic niektóre pociągi zmienią godziny odjazdów. Oprócz tego pasażerów czekają utrudnienia w nocy z 22 na 23 oraz z 23 na 24 września. Wówczas będą nocne zamknięcia na stacji Warszawa Zachodnia. W terminie 27-28 września, w związku z zabudową rozjazdów, ruch pociągów na odcinku Warszawa Włochy – Pruszków będzie prowadzony jednotorowo. Niektóre pociągi zostaną odwołane albo będą kursowały z pominięciem przystanków: Warszawa Włochy, Warszawa Ursus, Warszawa Ursus Niedźwiadek i Piastów.
Na trasie w kierunku Siedlec i Łukowa z uwagi na prace w obrębie wiaduktu drogowego przy ul. Chełmżyńskiej, ruch pociągów na odcinku Warszawa Rembertów - Warszawa Podskarbińska w terminie 2 – 25 października, prowadzony będzie po ograniczonej liczbie torów. Część połączeń zostanie odwołana lub będzie kursowała w skróconej relacji. W terminie 19 września (od godziny 22:00) do 22 września (do godziny 4:00) oraz 26 września (od godziny 22:00) do 29 września (do godziny 4:00), z uwagi na naprawę przejazdu drogowego, ruch pociągów na odcinku Mińsk Mazowiecki – Mrozy prowadzony będzie jednotorowo.
Utrudnienia będą też na linii do Błonia i Sochaczewa. W związku z rozpoczętą modernizacją przystanku Warszawa Ursus Północny, w terminie 31 sierpnia – 29 września ruch pociągów na odcinku Warszawa Gołąbki – Warszawa Włochy prowadzony będzie jednotorowo. Pociągi kursować będą w zmienionych godzinach, część zostanie poprowadzona z pominięciem przystanków Warszawa Gołąbki, Warszawa Ursus Północny oraz Warszawa Włochy. W terminie 30 września – 19 października, pociągi jadące w kierunku Warszawy nie będą zatrzymywały się na przystanku Warszawa Ursus Północny. W terminie 20 – 25 października, pociągi jadące w kierunku Ożarowa/Błonia/Sochaczewa/Łowicza nie będą zatrzymywały się na przystanku Warszawa Ursus Północny. W terminie 30 września – 3 listopada honorowane będą bilety KM w autobusach (w obu kierunkach): 194 na odcinku PKP Gołąbki – PKP Włochy oraz 207 PKP Ursus – PKP Ursus Północny. Podróżni posiadający ważny bilet Kolei Mazowieckich wydany do/ze stacji Warszawa Ursus Północny mogą skorzystać z przejazdu: w kierunku Warszawy – pociągiem do stacji Warszawa Gołąbki lub Warszawa Włochy, a następnie przesiąść się na pociąg KM lub autobus ZTM linii 194 (w odpowiednim kierunku), a w kierunku Łowicza Głównego – pociągiem do stacji Warszawa Gołąbki lub Warszawa Włochy, a następnie przesiąść się na pociąg KM lub autobus ZTM linii 194 (w odpowiednim kierunku). Możliwy jest również przejazd pociągiem do stacji Warszawa Ursus (linia nr 1), a dalej kontynuowanie podróży autobusem ZTM linii 207.
W związku z rezygnacją z budowy tunelu drogowego na linii do Otwocka i Dęblina, w terminie 22 września – 25 października, ruch pociągów na odcinku Otwock – Celestynów będzie prowadzony dwutorowo, bez konieczności uruchamiania komunikacji zastępczej i honorowania biletów u innych przewoźników. Z kolei na linii radomskiej w związku z budową nowego przystanku Radom Południowy, na odcinku Radom Główny – Rożki w terminie 1 – 14 września oraz 22 września – 5 października, ruch pociągów będzie prowadzony jednotorowo. Z uwagi na nocne zamknięcie na odcinku Warszawa Zachodnia – Warszawa Gdańska, w nocy z 6 na 7 września, z 7 na 8 września, z 22 na 23 września oraz z 23 na 24 września dwa wieczorno-nocne pociągi pojadą objazdem z pominięciem przystanków: Warszawa Koło, Warszawa Młynów, Warszawa Wola, Warszawa Zachodnia peron 9, Warszawa Aleje Jerozolimskie. Na linii do Działdowa z kolei wydłużone z/do Działdowa zostały relacje dwóch wieczornych pociągów.
