Cała inwestycja ma kosztować blisko 3 miliardy złotych. Prace mają rozpocząć się w grudniu tego roku i potrwać do końca 2029 roku. Na Dworcu Wschodnim przebudowane zostaną wszystkie trzy istniejące przejścia podziemne. W zachodnim tunelu (tym od strony Wisły) powstanie ścieżka rowerowa. Dojście na perony zapewnią schody tradycyjne, a na perony 1,2,3,4 również ruchome. Z kolei w przejściu wschodnim – schody ruchome zapewnią dojście na perony 5, 6 i 7, a schody tradycyjne na perony 1, 2, 3 i 4. Istniejące przejścia podziemne zostaną połączone nowym tunelem dla pieszych pod peronem 6, co umożliwi wygodniejsze poruszanie się po stacji oraz dojście do ulicy Tysiąclecia. Dojście na pociągi ułatwią również windy: 4 zostaną zamontowane w przejściu środkowym, 7 w przejściu wschodnim oraz 3 przy nowym łączniku, zapewniając dostęp na perony 5, 6 i 7. Perony zostaną zadaszone i pojawi się na nich zupełnie nowa nawierzchnia.
Na wysokości ulicy Chodakowskiej wybudowane zostanie nowe pieszo-rowerowe przejście podziemne, które zapewni mieszkańcom dogodne połączenie między Pragą-Południe i Pragą-Północ. Kolejarzom umożliwi dojście do budynków i biur. W ramach inwestycji pod stacją przygotowana zostanie także konstrukcja pod przyszły tunel Tysiąclecia, który będzie realizowany przez miasto. Przebudowa Warszawy Wschodniej to także duże zmiany w systemie zarządzania ruchem kolejowym. Wybudowana zostanie estakada łącząca stację z linią nr 9. 29 przęsłowy obiekt (o długości ponad 1600 metrów) pomieści dwa tory i usprawni prowadzenie ruchu kolejowego w kierunku Gdańska, Olsztyna i Legionowa. Powstanie również budynek nowego Lokalnego Centrum Sterowania wyposażony w nowoczesny system komputerowy. Przebudujemy także wiadukty kolejowe nad ulicami Targową, Siwca i Zamoyskiego.
W ramach zadania przebudowany zostanie także przystanek Warszawa Stadion. Powstanie tam dodatkowy nowy peron, który będzie służył podróżnym do czasu zakończenia wszystkich prac na linii średnicowej. Powstanie również długo wyczekiwany przez pasażerów łącznik przystanku kolejowego z metrem. Dzięki nowemu przejściu możliwe będą bezpośrednie przesiadki z pociągów do metra bez konieczności wychodzenia na zewnątrz obiektu.
Roboty na stacji będą prowadzone inaczej niż podczas zakończonej rok temu przebudowy stacji Warszawa Zachodnia. Na stacji Zachodniej przez cały czas utrzymywany był ruch pociągów, a prace realizowano etapami – kolejno na poszczególnych torach i peronach. Zdobyte doświadczenia pozwoliły lepiej zaplanować modernizację stacji Warszawa Wschodnia – zarówno w zakresie organizacji ruchu, harmonogramu robót, jak i budżetu, który w tym przypadku jest blisko dwukrotnie większy. Przebudowa zostanie więcpodzielona na dwa główne etapy. Pierwszy - to modernizacja peronów 1-4 wraz z układem dalekobieżnym, a drugi - modernizacja peronów 5-7 wraz z układem podmiejskim. Takie rozwiązanie ma ograniczyć ryzyko zakłóceń.
W trakcie modernizacji peronów 1-4 ruch pociągów dalekobieżnych na stacji Warszawa Wschodnia będzie częściowo ograniczony. Pociągi w kierunku Terespola oraz niektóre pociągi do Lublina będą rozpoczynać i kończyć bieg na peronie 5. Pozostałe będą skierowane do stacji Warszawa Gdańska oraz Warszawa Główna. Wybrane pociągi Intercity będą mogły korzystać z infrastruktury przeznaczonej dla ruchu podmiejskiego. W czasie modernizacji peronów 5-7 pociągi podmiejskie pojadą z Warszawy Wschodniej przez tzw. bypass kolejowy do przystanku Warszawa Stadion, a następnie dalej przez Warszawę Powiśle i Warszawę Śródmieście. Pociągi dalekobieżne nadal będą korzystać ze stacji Warszawa Gdańska. W celu usprawnienia ruchu powstanie tymczasowy peron nr 3 na przystanku Warszawa Stadion, a obecny peron nr 2 zostanie rozbudowany do dwóch krawędzi.
