W przypadku pojazdów zarejestrowanych za granicą sytuacja jest specyficzna. To dlatego, że ystem kontroli wjazdu do SCT w Warszawie został zaprojektowany w oparciu o dane zawarte w polskim rejestrze CEPiK, do którego zagraniczne pojazdy nie są automatycznie wpisane. Kamery monitorujące wjazd sygnalizują jednak obecność takiego pojazdu, podświetlając jego tablice na pomarańczowo, co pozwala funkcjonariuszom na zatrzymanie kierującego do kontroli w celu weryfikacji dokumentów auta.
W razie ujawnienia wykroczenia polegającego na bezprawnym wjeździe w obszar SCT kierujący musi się liczyć z konsekwencjami wynikającymi z przepisów prawa. Od 1 stycznia tego roku do warszawskiej strefy czystego transportu mają zakaz wjazdu auta benzynowe wyprodukowane przed 2000 roku i samochody z silnikiem Diesla starsze niż 17 lat. Mieszkańcy mający takie samochody i płacący podatki w stolicy muszą złożyć wniosek o zwolnienie ich z zakazu.
