Kontrole NIK przeprowadzono w Stowarzyszeniu Szczecińskiego Obszaru Metropolitalnego, Urzędzie Miasta Szczecin oraz w PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. Centrum Realizacji Inwestycji Region Zachodni. Kontrolerzy skupiali się m.in. na ustaleniu przyczyn niewykonania zadania w zakładanych terminach. Całość prac miała zostać oddana do użytku do końca września 2022 r. a stanowiące podstawę całego systemu linie kolejowe miały zostać zmodernizowane lub wybudowane do końca sierpnia 2020 r.
Najwyższa Izba Kontroli negatywnie oceniła działalność PKP PLK w zakresie przygotowania, realizacji i nadzoru nad realizacją zadania Budowa Szczecińskiej Kolei Metropolitalnej. "PKP PLK nie wykonała żadnego z dwóch projektów inwestycyjnych. W zakresie działalności Stowarzyszenia NIK stwierdziła, że nie posiadało kompetencji, które pozwalałyby na naliczanie kar. Wykorzystanie środków unijnych na koniec 2021 r. wyniosło wg NIK tylko 12%.
"Koszt budowy SKM aktualnie wynosi ponad 1,184 miliarda złotych, z czego przyznane już dofinansowanie środkami pomocowymi to 512 mln zł, a wnioskowana kwota na fazę II to 307 milionów złotych. W ciągu 2022 r. koszt wykonania Zadania wzrósł o 335,7 mln zł, tj. o prawie 40%" - czytamy w komunikacie NIK.